Salah satu elemen yang sangat menarik dalam desain gereja ini adalah bentuk kapal itu sendiri. Dalam ajaran Katolik, gereja sering kali disebut sebagai kapal keselamatan, yang mengarungi samudera kehidupan yang luas dan penuh tantangan. Sama seperti kapal yang berlayar menantang gelombang lautan, umat Katolik yang beribadah di gereja ini diajak untuk terus mengarungi hidup dengan iman dan harapan, di bawah perlindungan Tuhan yang Maha Kuasa.

Tidak hanya itu, bentuk huruf "M" yang terlihat pada struktur bangunan juga merujuk pada Bunda Maria, ibu dari Yesus Kristus, yang melambangkan perlindungan dan kasih sayang bagi umat Katolik.

Begitu memasuki Gereja Kapal, pengunjung akan terpesona oleh interior yang memadukan elemen religius dengan kearifan lokal. Dinding gereja dihiasi dengan mozaik yang terbuat dari batuan alam khas Pacitan. Sebanyak 40 jenis batu, termasuk andesit, marmer, dan fosil kayu, digunakan untuk menghiasi dinding dan lantai gereja, menciptakan suasana yang sejuk dan penuh makna. Mozaik ini juga mengandung simbolisme mendalam, salah satunya adalah 10 jenis batu yang mewakili Sepuluh Perintah Allah yang diterima oleh Nabi Musa.

Altar yang terletak di bagian depan gereja terbuat dari batu alam yang kokoh, mengingatkan setiap pengunjung akan kestabilan iman dan kekuatan spiritual yang terpancar dari setiap detil bangunan. Tidak hanya sebagai tempat beribadah, interior gereja ini juga menciptakan ruang untuk perenungan, di mana setiap batu yang digunakan memiliki makna dan cerita tersendiri.

Keistimewaan Gereja Kapal tidak hanya terletak pada desain yang artistik, tetapi juga pada pertimbangan teknis yang matang, khususnya dalam hal mitigasi bencana. Mengingat Pacitan adalah daerah rawan bencana alam, seperti banjir dan gempa, gereja ini dibangun dengan konstruksi yang tinggi dan kokoh. Ruang dalam gereja dirancang sedemikian rupa agar bisa digunakan sebagai tempat evakuasi sementara jika terjadi bencana. Selain itu, desain bangunan yang miring juga bertujuan untuk memastikan bahwa saat terjadi gempa, material bangunan akan jatuh keluar, tidak menimpa orang yang berada di dalamnya. Ini menunjukkan bahwa gereja ini tidak hanya berfungsi sebagai tempat ibadah, tetapi juga sebagai tempat perlindungan bagi umat dan masyarakat setempat.

Selain sebagai tempat ibadah, Gereja Kapal juga menjadi salah satu tujuan wisata rohani yang semakin populer di Pacitan. Banyak peziarah dari luar daerah yang datang untuk merasakan kedamaian batin dan merenungkan makna hidup di tengah suasana yang penuh ketenangan ini. Patung-patung yang menghiasi gereja, seperti Patung Bunda Maria yang mengenakan busana Jawa dan Patung Pieta, menambah daya tarik gereja ini sebagai destinasi wisata religi yang penuh makna.

Di halaman belakang gereja, terdapat Gua Maria yang menjadi tempat devosi bagi umat Katolik yang ingin berdoa secara pribadi. Gua  Dengan taman kecil dan patung Bunda Maria yang menambah suasana tenang, Gua Maria ini menjadi tempat yang sangat cocok untuk melakukan refleksi dan mencari kedamaian jiwa.

Gua Maria ini dinamakan Gua Maria Stella Maris, yang bermakna Bunda Maria Sang Bintang Samudra. Secara gambaran umum adalah Bunda Maria disimbolkan sebagai  Bunda yang pembimbing dan pelindung mereka yang bekerja atau berlayar di laut, terutama bagi penduduk sekitar Gereja kapal ini yang menggantungkan segala hidup dan pendapatannya dari laut. 

Gereja Santo Fransiskus Xaverius atau yang lebih dikenal dengan Gereja Kapal ini terletak di Jalan Pierre Tendean No. 9, Palihan, Pucangsewu, Kecamatan Pacitan, Kabupaten Pacitan, Jawa Timur. Lokasinya yang tidak jauh dari pusat kota Pacitan membuatnya mudah diakses, baik menggunakan kendaraan pribadi maupun transportasi umum. Jika Anda datang dari pusat kota, perjalanan menuju gereja hanya memerlukan waktu sekitar 10-15 menit dengan mobil atau sepeda motor.

Bagi yang datang menggunakan transportasi umum, Anda bisa menggunakan angkutan kota menuju arah Palihan, dan kemudian melanjutkan perjalanan dengan kendaraan ojek atau berjalan kaki beberapa menit. Meski gereja ini terletak di kawasan yang cukup tenang, Anda tidak akan kesulitan menemukannya karena papan petunjuk yang jelas di sepanjang jalan utama. Dengan akses yang mudah dan lokasi yang strategis, Gereja Kapal menjadi salah satu destinasi wisata rohani yang tak boleh dilewatkan saat berkunjung ke Pacitan.